Nördlich von Borgentreich in einer Senke zwischen von West nach Ost verlaufenden Höhenrücken liegt der Ort Natzungen. Die Gemarkung umfasst eine Fläche von 1.437,35 ha. Gemessen an der Gesamtfläche des Stadtgebietes ergibt sich ein Anteil von 10,4 %.

Die erste urkundliche Namensnennung des Dorfes geht auf das Jahr 1036 zurück. In einer Urkunde vom 15. August 1036 überträgt Bischof Bruno von Würzburg seinem Ministerialen Richbold und dessen Frau Richeze zwei Hufen Land in "Natesingen". Der Ort ist jedoch wesentlich älter. Dies ist seinem Namen zu entnehmen. Die Endungen "-ingen" und "-ungen" ist mit einem vorangestellten Personennamen verbunden. Demnach heißt Natzungen soviel wie "Siedlung der Sippe des Nat". Einen gleichen Abstammungsnamen trägt Natingen. Nicht zu folgern ist, dass bei beiden Orten die Namen von der selben Person abgeleitet worden sind. Wohl ist anzunehmen, dass zur Unterscheidung der Siedlungen voneinander im Größenvergleich für Natingen die Verkleinerungsform durch Endsilben gewählt worden ist. Somit hat Natzungen wohl schon zu altsächsischer Zeit (500 bis 900 n. Chr.) bestanden und seinen Namen zwischen 650 und 750 erhalten. Doch schon vor dieser Zeit hielten sich in dem Gebiet der heutigen Gemarkung Menschen auf. Bodenfunde aus der Steinzeit bezeugen dies.

Als Pfarrei wir Natzungen erstmals im Visitationsbericht vom 31. Januar 1231 der Dominikanermönche Conrad und Ernst als Kommissare des päpstliche Legaten in Deutschland genannt, die u.a. das gesamte Bistum Paderborn in Archiediakonate einteilten. Natzungen ist hierin unter dem Archiediakonat "Yburg" (Iburg) verzeichnet. Die Errichtung der Pfarrei dürfte jedoch wohl wesentlich früher anzusetzen sein und zumindest in die Mitte des 12. Jahrhunderts zurückgehen. Aus einer Urkunde von 1345 geht hervor, dass die Pfarrei von Borgholz, vermutlich mit der Stadtgründung (um 1291) errichtet, noch eine Filialkirche von Natzungen war.

In Urkunden von 1319 und 1362 wird zwischen einem Obernatzungen und einem Niedernatzungen unterschieden. Obernatzungen ist mit der Lage des heutigen Natzungen identisch. Niedernatzungen lag in der Nähe des jetzigen Bahnhofs Borgholz südlich der Eisenbahnstrecke. Wann Ober- und Niedernatzungen entstanden sind, ist ungeklärt, wie auch der Untergang von Niedernatzungen. Wahrscheinlich ist der Ort am Ende der Soester Fehde 1447 durch die zurückziehenden thüringisch-böhmischen Hilfsvölker des Kölner Erzbischofs zerstört worden.

Stark gelitten hat der Ort im Dreißigjährigen Krieg. Hunger, Not und Drangsal trafen den Ort besonders im Siebenjährigen Krieg. Allein in den Jahren 1759-61 starben 111 Einwohner. Wie in fast allen Paderborner Ortschaften hatte auch Natzungen laufend Einquartierungen. Für die Verpflegung der Soldaten und Pferde mussten die Bewohner sorgen, obgleich sie selbst nicht über das tägliche Brot verfügten. Nach der Schlacht im Juli 1760 bei Warburg brach im Winter 1760/61 die größte Not aus. Auch von der erneuten Schlacht am 24. Juni 1762 an der Diemel gegen die Franzosen lagerten die alliierten Truppen zwischen Borgholz, Natzungen und Borgentreich. Erst nach Jahren konnte sich die Bevölkerung von den Kriegsschäden erholen.

Am östlichen Ausgang des Ortes erbauten 1728 Freiherr Leopold von Sieghardt und Anna Justina von Boggen das heute noch erhaltene Herrenhaus des Rittergutes. In der Nachkriegszeit diente das Gebäude zahlreichen Flüchtlingen und Evakuierten als Wohnstätte, nachdem im "Dritten Reich" hier ein Landjahrlager eingerichtet war. In den nachfolgenden Jahren verwahrloste das "Schloß", wie es von den Einheimischen genannt wird, zusehends, bis es 1974 verkauft und renoviert wurde.

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